A politikus, közíró, az Európai Parlament tagja, az utolsó osztrák császári trónörökös kilencvennyolc évet élt. Az alsó-ausztriai Reichenau an der Rax közelében levő Wartholz villában született az utolsó osztrák császár és magyar király gyermekeként és legidősebb fiaként. Édesanyja Zita Bourbon–pármai hercegnő, császárné és királyné volt, keresztapja Ferenc József. Egyetemi tanulmányait a Leuveni Egyetemen végezte Belgiumban, ahol 1935-ben megszerezte a politika és társadalomtudományok doktora címet.
Habsburg Ottó 1912-ben a trónöröklés sorrendjében a negyedik helyen szerepelt. Apját, IV. Károlyt (Ausztriában: I. Károly császárt) törvényesen 1921-ben (1921. évi XLVII. törvénycikk) Magyarországon is megfosztották trónjától. Ottó egészen a második világháború végéig reménykedett a visszatérésben.
1960-ban a Habsburg–Lotaringiai-ház több tagja elfogadta a Habsburg-törvényt, és aláírta a lemondó nyilatkozatot. 1961. március 31-én maga Habsburg Ottó trónörökös, az utolsó császár legidősebb fia, a család feje is aláírta a trónigényről való lemondását, ennek jogérvényessége körül azonban Ausztriában jogvita keletkezett (a „Habsburg-válság"), ez több évig késleltette hazautazását. A osztrák közigazgatási bíróság végül Habsburg Ottó javára döntött, aki 1966. október 31-én négy évtizednyi távollét után visszatérhetett hazájába.
A Páneurópai Uniónak 1936-tól tagja, 1957-től alelnöke, 1973-tól elnöke volt. 1978-ban német állampolgárságot kapott. 1979 és 1999 között a CSU frakció mandátumával tagja volt az Európai Parlamentnek, két ízben is a frakció korelnökeként. Nagy szimpátiával kísérte az 1988–1989 évi közép-kelet-európai változásokat. Sokat tett az Európai Unió bővítéséért, ennek keretében Magyarország csatlakozásáért. Politikai tevékenységére jellemző, hogy a Kárpát-medencében szinte minden országban ugyanazt a beszédet mondta el az illető ország nyelvén.
1994. július 1-jén a MÉKK meghívására dr. Habsburg Ottó egynapos kárpátaljai látogatáson vett rész.
