1688. január 17-én foglalta el Antonio Caraffa császári tábornok Munkács várát, melyet Zrínyi Ilona és a Thököly Imréhez hű maroknyi kuruc őrség két éven keresztül védelmezett I. Lipót király (1657-1705) hadaival szemben.
„…Inség bilincsejét kerölő magyarság,
Egy Munkács várában szorult a szabadság,
Kit egy Zrínyi szívű tartott meg asszonyság,
Hol vagy s hálát nem adsz, az egész magyarság!”
(A gyermek II. Rákóczi Ferenc névnapi verse édesanyjához, Zrínyi Ilonához)
Mint ismeretes, Thököly Imre – „bujdosói” élén – 1682-ben sikeres hadjáratot vezetett a Felföldre, melynek eredményeként a „kuruc” vagy “tót király” lehetőséget kapott arra, hogy török támogatással Felső-Magyarország (Orta Madzsar) néven egy negyedik részt is létrehozzon a Magyar Királyságban, és ott a Porta rövid ideig vazallusaként uralkodjék. Ennek a felföldi fejedelemségnek a megalapításával Thököly elérte pályafutása csúcsát, az ad hoc módon kialakított vazallus államalakulat azonban tiszavirág-életűnek bizonyult: egy esztendővel később, 1683 őszén Kara Musztafa nagyvezír ostromló serege megsemmisítő vereséget szenvedett Bécs alatt, az oszmán kudarc pedig a késmárki gróf sorsát is megpecsételte. A XI. Ince pápa által életre hívott Szent Liga sikereinek láttán Thököly Imre megpróbált tárgyalásokat kezdeményezni I. Lipótnál, hatalmi állásának megmentésére tett kísérletei azonban sikertelenül végződtek.
Thököly politikai súlya a Habsburgok katonai sikereivel párhuzamosan csökkent, ráadásul – kétkulacsos taktikája miatt – a kuruc király a Porta bizalmát is elveszítette. Emiatt 1685 októberében Kara Ibrahim nagyvezír Váradon fogságba vetette őt. Ezeket a szerencsétlen fejleményeket látva Zrínyi Ilona – aki ezekben a vészterhes időkben is hűségesen kitartott férje mellett – gyermekeivel, Juliannával és Ferenccel a Rákócziak régi birtokán, Munkács várában keresett menedéket. A végvárak vonalától messze északkeleten fekvő erősség a Thököly erődítési munkálatainak köszönhetően szinte bevehetetlennek számított. Ráadásul az erőd védelmét – Radics András főkapitány parancsnoksága alatt – összesen 12 zászlóaljnyi gyalogság, három század karabélyos, ugyancsak három századnyi lovasság és 60 dragonyos látta el.
Az előrenyomuló császári hadak már egy hónappal Thököly foglyul ejtése után, 1685 novemberében körülzárták Munkácsot, és megpróbálták rábeszélni Zrínyi Ilonát a kapitulációra. Mivel az asszony – aki az ostrom során nem elsősorban a Rákócziak fészkét, vagy a férjének küldött uralkodói jelvényeket, hanem gyermekeit védelmezte – megtagadta a vár átadását, 1686 márciusában Aeneas Sylvius Caprara tábornok ágyútűz alá vette a falakat, az egy hónapig tartó heves küzdelem azonban nem hozott sikert a császáriak számára.
Zrínyi Ilona lelkét a becsapódó bombák sem törték meg: az ostrom idején személyes jelenlétével buzdította Thököly katonáit a falakon, leánya, Julianna pedig a betegápolók között végzett áldozatos munkát. Caprara hadai súlyos veszteségeket szenvedtek el a támadások során, ezért a tábornok egy hónap után a várvívás felfüggesztése és a laza ostromgyűrű visszaállítása mellett határozott. A kedvezőbb körülményeket Zrínyi Ilona mindenekelőtt arra használta fel, hogy zsoldot fizessen Munkács védőinek, ezért ékszereit zálogba küldte Lengyelországba, néhány hónappal később pedig követséget menesztett Varsóba, hogy az ottani francia követtől, Béthune márkitól szerezzen anyagi támogatást.
Jóllehet, a hős asszony bátran kitartott a császári erőkkel szemben, a hónapok előrehaladtával a magyarországi események egyre valószínűbbé tették vállalkozásának kudarcát. Thököly fél év után ugyan kiszabadult a nagyvezír fogságából, ám nem tudott elegendő katonát gyűjteni ahhoz, hogy áttörje a munkácsi ostromgyűrűt, mi több, 1686–87 fordulóján erre már az oszmán hadvezetés sem volt képes. Buda keresztény kézre kerülésével a török hadak defenzívába vonultak vissza, a Szent Liga nagyharsányi diadala (1687. augusztus 12.) után pedig a Porta szárazföldi csapatai már kiszorultak Magyarország és Erdély területéről. Az egykori hódoltság apró „szigetecskékre” zsugorodott össze, melyek egy-egy jelentős, még török uralom alatt álló erősség – például Várad, Eger, vagy Temesvár – körül maradtak fenn, megfelelő utánpótlás híján azonban ezen várak kapitulációja is csak idő kérdése volt.
Miközben Antonio Caraffa tábornok az eperjesi vésztörvényszékkel is igyekezett nyomást gyakorolni Zrínyi Ilonára – a koncepciós perek elítéltjei közül ugyanis többeket azzal vádoltak meg, hogy kapcsolatban álltak a grófnővel –, a császári hadak visszafoglalták Egert, és 1687 novemberében ismét kísérletet tettek a két éve ellenálló munkácsi vár meghódítására. Zrínyi Ilona, aki az ostrom kezdetén gyermeket várt és két nagyobb gyermeke, Ferenc és Julianna is vele volt a várban. Őket nevelőik szigorúan tanulásra fogták, miközben anyjuknak a várvédelem, az ellátás, és a politikai levelezés mellett a terhesség gondjai kötötték le. Thökölynek írott levelében a szülőágyi veszélyektől tartva, fiúgyermek jövetelében reménykedett: „Adja Isten, oly szerencsés lehetnék, édes szívem, örvendeztethetném magam életemnek letételével és fiú magzattal.” A várvédő asszonyt azonban ekkor sem törte meg a fegyverek zaja. Amikor azonban a hosszú ostrom miatt súlyos élelmiszer- és lőszerhiány lépett fel, ráadásul azzal is számot kellett vetnie, hogy az oszmánoktól és férje „bujdosó” seregétől távol, a várvédők zsoldjára szükséges pénz nélkül előbb-utóbb nem marad értelme az ellenállásnak.
Ezzel magyarázható, hogy 26 hónap után, 1688. január 14-én végül beleegyezett Munkács kapuinak megnyitásába, ahová a Caraffa tábornok vezette Habsburg csapatok három nappal később vonultak be. A császáriak Thököly uralkodói jelvényeinek lefoglalásával de iure is véget vetettek a néhai felső-magyarországi fejedelemség fennállásának. Ennél sokkal drámaibb volt azonban az a változás, ami Zrínyi Ilona és a Rákóczi-gyermekek sorsában következett be. Munkács elfoglalásával és a család őrizetbe vételével ugyanis I. Lipót érvényesíteni tudta I. Rákóczi Ferenc végrendeletét, melynek értelmében Julianna és Ferenc az uralkodó gyámsága alá került. A Rákóczi-örökösökkel együtt Zrínyi Ilonát is Bécsbe hurcolták, és I. Lipót király túszaként 1691-ig az Orsolya-rend zárdájában lakott, ahol lányát, Rákóczi Juliannát is nevelték. Fiát, II. Rákóczi Ferencet a dél-csehországi Jindřichův Hradec (német nevén: Neuhaus) jezsuita kolostorában nevelték. Anya és fia soha többé nem találkozhattak.
Mint ismeretes, Donatus Heisler tábornok a török-magyar győzelemmel végződött zernyesti ütközetben Thököly fogságába került, akiért cserében ki tudta váltani feleségét, Zrínyi Ilonát a Habsburgok őrizetéből. A karlócai békekötés után a Thököly házaspár előbb Isztambulban, majd Nikomédiában (Izmit) élt. Alig 100 főnyi kíséretükkel 1701. szeptember 25-én hajón érkeztek meg a nikomédiai kikötőbe. A városhoz közeli Karatepében kaptak engedélyt, hogy magyar települést hozzanak létre. Ellátásukról a Porta gondoskodott
Zrínyi Ilona ekképpen férje száműzetésében osztozva, 1703. február 18-án, a Márvány-tenger parti Nikomédia városában halt meg. Thököly harmadfél évvel később, 1705. szeptember 13-án hunyt el. Hamvaikat 1906-ban, II. Rákóczi Ferencével együtt hozták haza és helyezték el: Zrínyi Ilonát és fiát, a nagyságos fejedelmet Kassán a Szent Erzsébet dómban, Thökölyt pedig Késmárkon, az új evangélikus templomban.
